Heian kế tiếp thời kỳ Nara, bắt đầu từ năm 794 sau khi Nhật hoàng thứ 50, Kammu, rời kinh đô Heijō-kyō (平城京, Bình Thành Kinh ở Nara) tới Heian kyō (平安京, Bình An kinh thành phố Kyoto ngày nay). Đây được coi là một dấu son trong văn hóa Nhật Bản, được các thế hệ sau ghi nhớ ngưỡng mộ. Thời kỳ Heian cũng đánh dấu sự thăng hoa của tầng lớp samurai, tầng lớp sau cùng sẽ chiếm đoạt quyền lực và bắt đầu thời kì phong kiến ở Nhật Bản.

Về cơ bản, quyền lực tối cao do Nhật hoàng nắm giữ. Nhưng trong thực tế, dòng họ quý tộc Fujiwara đã thâu tóm quyền lực. Tuy nhiên, để bảo vệ quyền lợi tại các tỉnh lị, nhà Fujiwara và các dòng họ quý tộc khác phải có vệ sĩ, cảnh vệ và các binh sĩ. Tầng lớp võ sĩ đã học hỏi được rất nhiều điều trong suốt thời kỳ Heian. Đầu năm 939, Taira no Masakado đe dọa quyền lực của chính quyền trung ương bằng việc dẫn đầu cuộc nổi loạn ở tỉnh Hitachi ở phía Bắc. Gần như trong cùng thời điểm, Fujiwara no Sumitomo nổi loạn ở phía Tây. Phần lớn sức mạnh của chính quyền nằm trong quân đội riêng của shogun.

Sự lấn tới của tầng lớp võ sĩ vào ảnh hưởng của hoàng gia là hậu quả của cuộc nổi loạn Hōgen. Cùng thời gian này, Taira no Kiyomori học theo âm mưu của Fujiwara bằng việc đưa con ông lên giữ ngôi trị vì Nhật Bản bằng chức nhiếp chính. Gia tộc này (gia tộc Taira) vẫn tại vị cho đến sau cuộc chiến đánh dấu sự mở đầu của Mạc phủ, Chiến tranh Genpei. Thời kỳ Kamakura bắt đầu năm từ năm 1185 khi Minamoto no Yoritomo giành được quyền lực từ hoàng đế và thiết lập Mạc phủ, tức Mạc phủ Kamakura, tại Kamakura.